پس از استقرار حکومت متمرکز صفوی در ایران، شاه اسماعیل امر به کشتن شماری از بزرگان اهل سنت داد؛ واقعه‌ای که در پیوند با یک سلسله جنایت‌های دیگر موجب شد تا سلطان عثمانی رسما خاندان صفوی را "اوباش قزلباش" نامگذاری کند. کشتارهای مذهبی هنوز هم یکی از نقاط ضعف ایران در مناطق مرزی آن محسوب می‌شود که پیگیری همان سیاست صفوی در زمانه‌ای دیگر، با شیوه هائی دیگر، از طرف حاکمان کنونی جمهوری اسلامی است.

تلاش و اقدام شاه اسماعیل صفوی برای برتری دادن تشیع در ایران احتمالا بزرگترین اشتباه تاریخی وی و سلسله صفوی بود، که سرانجام به سقوط آن انجامید. بویژه که این برتری به بهای کشتار بخش وسیعی از ایرانیان، یعنی پیروان اهل تسنن به انجام رسید. سخن در اینجا بر سرحقانیت یا عدم حقانیت این یا آن مذهب نیست، بلکه بر سر پیامدهای یک گزینش تاریخی در مرحله‌ای معین از تحول کشور ماست. یادآوری می‌کنیم که تقریبا بعد از دوران سلجوقی ما شاهد کشتارهای گسترده بنام مذهب در ایران نبوده ایم. حتی شیعیان انقلابی اسماعیلی نیز بیشتر همچون نیروهای سیاسی و اجتماعی مقابله کننده با زیاده خواهی‌های اقوام بیابانگرد عمل می‌کردند و جنبه مذهبی آنان اهمیت کمتری نسبت به وجهۀ  سیاسی شان داشت. پس از حمله مغول و حوداث پس از آن نیز ما بیشتر مذاهبی را می‌بینیم که در کنار یکدیگر همزیستی دارند. دلایل این همزیستی غیر ‌از عوامل سیاسی و اجتماعی، شاید ناشی از گسترش اندیشه‌های وحدت وجود صوفیه در میان مذاهب مختلف اسلامی شیعه و سنی نیز باشد. به هر روی تناقض بزرگ تاریخی سلسله صفوی در آنجاست که از یک سو می‌کوشید یک امپراتوری متمرکز در حدود تقریبی ایران تاریخی بوجود آورد و ازسوی دیگر برخلاف تمام امپراتوری‌های اوج گیرنده مروج بی تحملی و کشتار مذهبی بود؛ و این در شرایطی بود که پیشرفت ایران بیش از هر زمانی در گرو وحدت داخلی و آرامش در مرزهای خارجی آن بود.

شاه اسماعیل نسبتا آسان و پس از چند برخورد نظامی موفق شد تبریز را تصرف کند. این زمان او حدود 15 سال داشت و ناگهان تصمیم خود را به شیعه کردن مردم تبریز اعلام کرد. این تغییر مذهب اجباری با پیامدهای ناگواری در محدوده آذربایجان همراه شد. پس از آن اقتدار صفوی در ایران با سهولت و البته با فجایع بسیاری گسترش یافت. ولی روش‌های وحشیانه شاه اسماعیل در برخورد با پیروان مذهب اهل سنت اثرات عمیقی بر وحدت و یکپارچگی واقعی ایران برجای گذاشت که خود در دورانی طولانی مانع از ایجاد امنیت در مرزهای شرقی و غربی ایران شد. برای مثال کشتارهایی که او از اهالی تبریز و یا مناطق شرقی ایران، پس از غلبه بر شیبک خان انجام داد منجر به آن شد که تقریبا در تمام دوران حکومت شاه طهماسب نه تنها مرزهای غربی ایران در تهدید حکومت عثمانی قرار گیرد و حتی محدوده بزرگی از غرب ایران تا دوران شاه عباس اشغال شود و از کف ایران برود، بلکه در مرزهای شرقی نیز جانشینان شیبک خان هرگز حکومت قزلباشان را آسوده نگذاشتند. در دوران شاه طهماسب در اکثر جنگ‌های بین قزلباشان و ازبک‌ها این حکومت صفویه بود که بازنده بود. در این دوران با کشتار‌های بیهوده اهالی شرق ایران، تحت عنوان شیعه و سنی روبرو هستیم. شاید زخم‌های باقی مانده از این کشتارها از جمله عواملی بود که سقوط اصفهان – پایتخت صفویه- و حتی جدا شدن هرات از ایران را در دوران قاجاریه تسهیل کرد.

این سابقه تاریخی کشتارهای مذهبی، هنوز هم یکی از نقاط ضعف ایران در مناطق مرزی آن محسوب می‌شود که دلیل آن البته پیگیری همان سیاست صفوی در زمانه‌ای دیگر، با شیوه هائی دیگر، از طرف حاکمان کنونی جمهوری اسلامی نیز می‌باشد.

از سوی دیگر با وجود کمبود مدارک تاریخی در مورد خاندان صفوی، با مطالعه اشعار شیخ صفی الدین اردبیلی از طرفی و تهور و بی باکی غیرعادی پدربزرگ و پدر شاه اسماعیل صفوی از طرف دیگر، همچنین رفتار خود شاه اسماعیل و اشعار او به زبان ترکی و بهتر از همه توصیف‌های مستند و دقیق تری که از شاه طهماسب - پسر و جانشین او- در دست است، احتمال وجود اختلالات خلق و خوی و بیماری‌های دو قطبی در این خاندان جدی بنظر می‌سد. مثلا شاه طهماسب طبق مشاهدات سفیر امپراتوری مغول هند و مشاهده گران اروپایی دارای دوران‌های متناوب افسردگی و برانگیختگی بوده است. اینکه دلایل اتخاذ روش‌های نادرست از طرف خاندان صفوی مربوط به وجود این بیماری‌ها در این خاندان باشد امری است که فعلا از نظر مدارک تاریخی اثبات شدنی نیست ولی امکان ارزیابی پیامدهای اقدامات شاه اسماعیل را از ما سلب نمی کند. به هر دلیلی که این اعمال انجام گرفته باشد، یعنی چه ناشی از بیماری‌های روحی و وراثتی و یا بدلیل ارادت این پادشاه شرابخوار و شاهد باز به مذهب شیعه و امامان آن باشد نتایج بسیار تاسف باری از این اقدامات نصیب مردم ایران شد.

روابط شاه اسماعیل با امپراتوری عثمانی

پس از استقرار حکومت متمرکز صفوی در ایران، سلطان عثمانی سفیری برای تبریک به دربار شاه اسماعیل می‌فرستد و شاه در حضور این سفیر امر به کشتن شماری از بزرگان اهل سنت می‌دهد؛ واقعه‌ای که در پیوند با یک سلسله جنایت‌های دیگر موجب می‌شود که سلطان عثمانی رسما خاندان صفوی را "اوباش قزلباش" نامگذاری کند. در واقع هر چند پس از استقرار حکومت صفوی و حتی قبل از آن نگرانی‌هایی از طرف پادشاهان عثمانی در مکاتبات خود با دیگر پادشاهان غرب ایران ابراز شده بود ولی بنظر می‌رسد که سیاست توسعه طلبی عثمانی به سمت شرق و جنوب پس از اوجگیری شاه اسماعیل آغاز شده باشد. به هر حال این تنازع زیان‌بار منجر به جنگ معروف چالدران شد که در نتیجه آن شکست سختی به شاه اسماعیل وارد آمد. بطوری که در نتیجه آن، شاه اسماعیل تا پایان دوران سلطنت خود، هیچگاه فرماندهی نظامی را برعهده نگرفت و اوقات خود را به شرابخواری و شکار ‌گذراند تا اینکه در سن 38 سالگی درگذشت.

دوران تسلط شاه اسماعیل و سران قزلباش در ایران دوران فشار بی اندازه بر مردم شهرها و روستاهای ایران نیز محسوب می‌شود که نتیجه‌تقسیم مناطق مختلف ایران از طرف شاه اسماعیل بین سران مختلف قزلباش است. به این ترتیب مشخصه این دوران علاوه بر جنگ‌ها و خونریزی‌های بسیار در نقاط مختلف ایران، تسلط زیاده خواهی قبیله‌ای و فشار بر قبایل یکجانشین است که خود مانع از تحولات اجتماعی مثبت در اقتصاد متکی بر کشاورزی ایران می‌گردد.

پس از شاه اسماعیل نوبت به شاه طهماسب می‌رسد که بیش از 50 سال سلطنت می‌کند. این دوران نیز آکنده از رقابت‌های سران قبایل قزلباش و جنگ‌های بسیار بین ایرانیان از طرفی و عثمانی‌ها و ازبک‌ها و گرجی‌ها از طرف دیگر است. به این ترتیب علیرغم وجود یک پادشاهی متمرکز در ایران شاه طهماسبی نمی توان از پیشرفت اقتصادی سخنی به میان آورد. در این دوران تا اوجگیری شاه عباس - نوه شاه طهماسب - ایران مناطق بزرگی از غرب کشور را از دست می‌دهد و مرزهای شرقی آن نیز هیچگاه در آرامش به سر نمی برند. پس از شاه طهماسب دوران کشتارهای خانوادگی در خاندان صفوی آغاز می‌شود، بطوری که از تعداد زیاد فرزندان و نوادگان شاه طهماسب جز یک پسر و نواده او یعنی شاه عباس کسی برجای نمی ماند. در این دوران دولت صفوی حاکمیت خود را بر بسیاری از نواحی جنوب و جزایر خلیج فارس از دست می‌دهد.

در واقع دوران اوج سلسله صفوی همان دوران شاه عباس است. در این دوران و بنا بر مساعدت گروهی از نظامیان انگلیسی امکان تاسیس یک ارتش مدرن فراهم می‌شود و شاه عباس با کمک این ارتش مدرن توان غلبه بر حکومت عثمانی و حتی تصرف بغداد را پیدا می‌کند. و از طرف دیگر موفق به بیرون راندن پرتغالی‌ها از خلیج فارس می‌گردد. هم در این دوران است که ما شاهد شکوفایی جلوه‌هایی از صنعت و تکنولوژی در ایران هستیم. همچنین اغلب سدهای صفوی در دوران شاه عباس احداث شده اند که بعضی از آنها در نواحی گرگان و اصفهان و لرستان همچنان مورد استفاده می‌باشند. همچنین در دوران شاه عباس به انحصار درآوردن تجارت عواید زیادی را نصیب ایران کرد. در این دوران مهمترین کالای با ارزش ایران ابریشم است که به میزان زیاد از ایران به اروپا صادر می‌شد. کارگاه‌های بزرگ سلطنتی به تولید انواع مصنوعات تزیینی و ظروف و اسلحه می‌پرداختند.

در دوران شاه عباس از نظر اجتماعی و نظامی تغییرات مهمی نیز در مراتب اجتماعی ایران اتفاق می‌افتد. شاه عباس پس از کشتن حامی خود از قبیله اوستاجلو به تضعیف نظام قبایل قزلباش اقدام می‌کند و به جای آنها تشکیلات "شاهسون" به معنی دوستدار شاه را ایجاد می‌کند. اساس تشکیلات نظامی ایران در این دوران دیگر بر قبایل قزلباش مبتنی نیست. در نتیجه نظام مبتنی بر برتری قبایل حامی سلطنت صفوی در ایران دستخوش دگرگونی‌های مهمی می‌گردد که در صورت تداوم تمرکز دوران شاه عباس می‌توانست به خروج ایران از دوران قرون وسطایی منجر شود. ولی این بار نیز دو عامل مهم مانع از این اتفاق می‌گردد. اولا مخارج نظامی هنگفتی که بدلیل تخاصمات دائمی با دولت عثمانی به شاه عباس تحمیل شده بود و از طرف دیگر بدبینی که در او نسبت به افراد خانواده اش ایجاد شده بود که موجب شد اکثر کسانی که ظرفیت تداوم تمرکز شاه عباسی را داشتند یا به قتل رسیدند و یا کور شدند. و این شاید از عواملی است که انحطاط خاندان صفوی را پس از صدسال پایه ریزی کرد.

در این میان پدیده دیگری بروز کرد که نقش منفی شاه اسماعیل را در ابتدای صفویه به نوعی در انتهای این دوران تکرار کرد و آن برآمد گروهی از فقها و روحانیان متعصب است. استقرار مذهب تشیع در محدوده ایران که از دوران شاه اسماعیل و شاه طهماسب با مهاجرت روحانیان جبل عاملی و بعضی از روحانیان بحرینی به ایران آغاز شده بود، در دوران افول صفوی منجر به تشدید تعصبات و سختگیریهای مذهبی گردید. این دورانی است که تراز تجاری ایران به شدت منفی گردیده است. سقوط درآمد خارجی ایران از طرفی و تسلط خرافات و سخت گیری‌های مذهبی از طرف دیگر همراه با پادشاهی سلطان حسین صفوی که بجز عیش و عشرت و ترویج خرافات مذهبی نقش دیگری برای خود قایل نبود منجر به آن گردید که امپراتوری صفوی در اثر قیام گروهی از ساکنان محدوده تاریخی ایران، یعنی افغانان سرنگون گردد. این سرنگونی با واکنش عمده‌ای روبرو نگردید.